VTT Uutta | Uutiset 2004

10.12. VTT kehitti tehokkaan menetelmän geenien toiminnan aktiivisuuden tutkimiseen


VTT on kehittänyt tehokkaan menetelmän, jolla voidaan nopeasti ja helposti tutkia useiden geenien ilmentymistä eli toiminnan aktiivisuutta yhtäaikaisesti. Se sopii erityisesti työkaluksi analysoitaessa kohdennetusti esimerkiksi vain sataa geeniä tuhansien sijasta. Uuden menetelmän avulla tehty kohdennettu tutkimus säästää merkittävästi työaikaa ja siten myös kustannuksia. Kaupallistamisvaiheessa olevaa menetelmää on jo hyödynnetty menestyksekkäästi useissa eri sovelluksissa, seuraavaksi mm. syöpädiagnostiikassa.

VTT:n kehittämää nk. TRAC-menetelmää voidaan soveltaa esimerkiksi ympäristöanalytiikkaan, bioprosesseihin ja mikrobiologisiin tutkimuksiin. Se täydentää tutkimustyössä ja kliinisessä diagnostiikassa käytettäviä menetelmävaihtoehtoja. Geenien ilmentymisen tutkimiseen käytetään yleensä mikrosiru- tai RT-PCR (real-time polymerase chain reaction) -tekniikkaa. VTT:n kehittämä menetelmä ei suoraan kilpaile näiden kanssa, vaan se on vaihtoehtoinen työkalu analysoitaessa kohdennetusti esimerkiksi vain sataa geeniä tuhansien sijasta. Menetelmän luotettavuutta lisää se, että siinä vältetään yleinen virheitä aiheuttava näytteen käsittelyvaihe.

TRAC-menetelmää aiotaan hyödyntää mm. syöpädiagnostiikassa. Kudosleikkeestä leikataan epäillyt syöpäsolut ja ne hajotetaan. Solujen sisällä olevien RNA-nukleiinihappojen annetaan reagoida TRAC-koettimien kanssa. Tulokseksi saadaan lopuksi profiili, jossa jokainen piikki kuvaa yhden geenin ilmentymistä. Piikkien pinta-alat ja korkeudet ovat verrannollisia siihen, miten paljon geeni vaikuttaa näissä soluissa. Syöpäsolukot erottautuvat vertailtaessa niitä normaalisolukkojen profiileihin. Korkearesoluutiokuvia >>

TRACin perusidea on käyttää samanaikaisesti useita erimittaisia koettimia eli nukleiinihappojaksoja ja tutkia näin usean geenin ilmentymistä yhtäaikaisesti. Analyysin loppuvaiheessa koettimet voidaan erotella toisistaan pituuden perusteella, jolloin vastaavat kohdegeenit voidaan tunnistaa.

VTT on käyttänyt menestyksekkäästi menetelmää jo useassa hankkeessa. Käynnissä on mm. projekti, jossa tutkitaan klostridi-bakteerien suhteellisia osuuksia ihmisen suolistossa ja sitä, miten ne poikkeavat terveiden ja ärtyneestä paksusuolesta kärsivien suolistossa. Tutkijat ovat jo löytäneet joitakin eroja, ja tulosten tarkempi tarkastelu on käynnissä.

Menetelmää on myös käytetty mittaamaan geenien ilmentymistä Trichoderma reesei -homeella bioteknisissä prosesseissa, joissa tuotetaan teollisesti tärkeitä proteiineja. Geenien ilmentymisen mittaamisella voidaan seurata homeen hyvinvointia ja kykyä tuottaa haluttuja proteiineja bioprosessissa.

Heinäkuussa 2004 alkoi HUS:n ja VTT:n yhteisprojekti, jossa sovelletaan TRAC-analyysiä paksusuolisyöpädiagnostiikkaan. Tavoitteena on muokata menetelmää lab-on-a-chip-muotoon piisirulla ja arvioida sen soveltuvuutta syöpädiagnostiikkaan.

Lisätietoja:

VTT Biotekniikka
Kari Kataja, tutkija
Puh. 020 722 78608
kari.kataja@vtt.fi

Reetta Satokari, tutkija
Puh. 020 722 5231
reetta.satokari@vtt.fi

 


Uutta | Uutiset 2004

VTT