Tulosta Tulosta Lähetä linkki Bookmark and Share

VTT kehitti ohjelman vaativien lääketieteellisten tietoaineistojen analysointiin

25.04.2007


MegNet®-ohjelmistoa voidaan hyödyntää eri sairauksien diagnosoinnissa.

VTT on kehittänyt megNet-tietokoneohjelmiston monimutkaisten bio- ja lääketieteellisten tietoaineistojen yhdistämiseen ja visualisoimiseen. VTT on käyttänyt ohjelmistoa tutkimusprojekteissa, joissa kehitettiin menetelmiä mm. sydänsairauksiin ja diabetekseen liittyvien varhaisten muutosten havaitsemiseksi.

MegNet® mahdollistaa laajojen ihmisen fysiologiaan liittyvien tietoaineistojen yhdistämisen ja tietojenkäsittelyn. Tällaisia tekijöitä ovat esimerkiksi molekyylien väliset vuorovaikutukset, genomit, geenien ilmentyminen, soluaineenvaihdunta, lääketieteelliset kuvat ja kliiniset tietoaineistot. VTT soveltaa ohjelmaa eri sairauksiin liittyvien, elimistössä tapahtuvien varhaisten muutosten eli biomarkkerien tunnistamiseen. Sitä voidaan hyödyntää myös lääkekehityksessä ja muussa terveydenhoidossa. MegNet®-ohjelmisto vastaa tarpeisiin hyödyntää tehokkaasti perustutkimuksen tuloksia potilaiden hoidossa.

Ohjelman kehitystyö perustuu käsitteellinen tila -teoriaan (conceptual space), joka soveltuu tiedon louhintaan ja visualisointiin. VTT hyödynsi työssä uusimpia 3D-tekniikoita, matemaattista mallinnusta ja kontekstin tunnistusta. Käsitteellinen tila -teoria yhdistää kognitiivisen tieteen, psykologian ja lingvistiikan teorioita. Se tarkoittaa ennalta valittujen ominaisuuksien mukaan järjestettyä tilaa ja perustuu informaatiotilan topologiseen analysointiin.

VTT on soveltanut megNet®-ohjelmistoa tutkimusprojekteissaan. VTT:n rahoittamassa VISUBIOMED-projektissa systeemibiologian, signaalinkäsittelyn ja lääketieteellisen kuvankäsittelyn asiantuntijat analysoivat sydämestä otettuja magneettikuvia ja jatkossa muutakin sydänsairauksiin liittyvää kliinistä tietoaineistoa. Potilaiden verinäytteistä voidaan analysoida aineenvaihduntatuotteet. Tietoaineistoa täydennetään MegNet®-ohjelmiston avulla sairauteen liittyvällä molekyylitason tutkimustuloksilla ja molekyylien vuorovaikutustiedoilla. TRANSCENDO-projektissa VTT:n tutkijat ovat soveltaneet megNet®-ohjelmistoa diabeteksen varhaisen havaitsemisen diagnoimiseksi.

Hanke tehdään yhteistyössä sairaaloiden kanssa.

Lisätietoja

Matej Orešič, johtava tutkija, tiiminvetäjä
Puh. 020 722 4491

Jyrki Lötjönen, erikoistutkija, tiiminvetäjä
Puh. 020 722 3378

sysbio.vtt.fi/visubiomed

Kuva: MegNet®-ohjelmiston näyttöruutu.