Lähetä linkki
VTT kehitti ohjelman vaativien lääketieteellisten tietoaineistojen analysointiin
25.04.2007
MegNet®-ohjelmistoa voidaan hyödyntää eri sairauksien diagnosoinnissa.
VTT
on kehittänyt megNet-tietokoneohjelmiston monimutkaisten bio- ja
lääketieteellisten tietoaineistojen yhdistämiseen ja visualisoimiseen. VTT on
käyttänyt ohjelmistoa tutkimusprojekteissa, joissa kehitettiin menetelmiä mm.
sydänsairauksiin ja diabetekseen liittyvien varhaisten muutosten
havaitsemiseksi.
MegNet® mahdollistaa laajojen ihmisen fysiologiaan liittyvien tietoaineistojen
yhdistämisen ja tietojenkäsittelyn. Tällaisia tekijöitä ovat esimerkiksi
molekyylien väliset vuorovaikutukset, genomit, geenien ilmentyminen,
soluaineenvaihdunta, lääketieteelliset kuvat ja kliiniset tietoaineistot. VTT
soveltaa ohjelmaa eri sairauksiin liittyvien, elimistössä tapahtuvien
varhaisten muutosten eli biomarkkerien tunnistamiseen. Sitä voidaan hyödyntää
myös lääkekehityksessä ja muussa terveydenhoidossa. MegNet®-ohjelmisto vastaa
tarpeisiin hyödyntää tehokkaasti perustutkimuksen tuloksia potilaiden hoidossa.
Ohjelman
kehitystyö perustuu käsitteellinen tila -teoriaan (conceptual space), joka
soveltuu tiedon louhintaan ja visualisointiin. VTT hyödynsi työssä uusimpia
3D-tekniikoita, matemaattista mallinnusta ja kontekstin tunnistusta.
Käsitteellinen tila -teoria yhdistää kognitiivisen tieteen, psykologian ja
lingvistiikan teorioita. Se tarkoittaa ennalta valittujen ominaisuuksien
mukaan järjestettyä tilaa ja perustuu informaatiotilan topologiseen
analysointiin.
VTT on soveltanut megNet®-ohjelmistoa
tutkimusprojekteissaan. VTT:n rahoittamassa VISUBIOMED-projektissa
systeemibiologian, signaalinkäsittelyn ja lääketieteellisen kuvankäsittelyn
asiantuntijat analysoivat sydämestä otettuja magneettikuvia ja jatkossa
muutakin sydänsairauksiin liittyvää kliinistä tietoaineistoa. Potilaiden
verinäytteistä voidaan analysoida aineenvaihduntatuotteet. Tietoaineistoa
täydennetään MegNet®-ohjelmiston avulla sairauteen liittyvällä molekyylitason
tutkimustuloksilla ja molekyylien vuorovaikutustiedoilla.
TRANSCENDO-projektissa VTT:n tutkijat ovat soveltaneet megNet®-ohjelmistoa
diabeteksen varhaisen havaitsemisen diagnoimiseksi.
Hanke
tehdään yhteistyössä sairaaloiden kanssa.
Lisätietoja
Matej
Orešič, johtava tutkija, tiiminvetäjä
Puh. 020
722 4491
Jyrki Lötjönen,
erikoistutkija, tiiminvetäjä
Puh. 020 722 3378
sysbio.vtt.fi/visubiomed
Kuva: MegNet®-ohjelmiston näyttöruutu.